Tutanota wird von der Tutao GmbH betrieben, die 2011 von den beiden Informatik-Studenten Arne Möhle und Matthias Pfau in Hannover gegründet wurde. Das Unternehmen ist zu 100 Prozent im Besitz der Gründer und bleibt unabhängig von großen Investoren, um seine Mission als Datenschutzorganisation zu wahren. Tutanota ist ein unabhängiges Unternehmen, das sich ausschließlich an deutschen Gerichtsbeschlüssen orientiert.